你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1812)

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精选文章推荐

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Nature综述：大佬手把手教你分析菌群数据
宏基因组分析教程
微生物组入门必读+宏基因组实操课程
Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
Nature综述：微生物构成的氮循环网络
DNA提取也能发Nature？
学术论文图表基本规范大全
一片看懂肠道菌群在人体中的作用
岛国科普—生命大跃进
人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
3分和30分文章差距在哪里？
28个实用绘图包，总有几个适合你

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你想要的生信知识全在这—生信宝典
NB：实验vs分析，谁对结果影响大
NC：16S序列预测培养基配方
Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生
35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
深度好文—我们的未来在哪里？
宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
学术图表的基本配色方法
手把手带你重现菌群封面文章图表
79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
漫谈16S的前世今生
16S+功能预测发Sciences
Nature：宏基因组关联分析
Nature: 宏基因组关联分析-深入研究微生物组
Nature：肠道菌群如何划分肠型
一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
Co-occurrence网络图在R中的实现

3000+

一文读懂宏基因组分析套路
简单漂亮的在线生信绘图工具
一文读懂微生物组
生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
进化树一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化 iTOL进阶
自学生信-biostar handbook

培训、会议、招聘

12月14-16日，北京，生信分析Linux基础和R绘图——玩转公司反馈的测序报告和数据表
1月11-13日，北京，扩增子分析和功能预测
3月22-24日，北京，宏基因组分析培训
最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
电子科大邹权组招聘博后、科研助理和访问学生（生物信息学方向）
中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
南方科技大学环境学院夏雨教授诚聘博士后一名（环境微生物方向）

科研经验

如何优雅的提问
公众号搜索方法大全
如何第一时间了解研究领域最新动态?
科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
生信编程模板 Perl Shell R
生物信息之程序学习
论文Figures，你不能不知道的秘密
原始数据极速上传NCBI SRA教程
Endnote X8云同步：有网随时读文献
Excel绘图新高度-EasyCharts
你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
Windows10远程桌面Ubuntu
R，Git和Github代码备份和版本管理上下
2018谷歌学术指数——综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志
Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及
适合做生物信息的笔记本推荐
求求你使用Tab键好吗

软件和数据库

Gephi轻松绘制超美网络图
在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程
微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程中文帮助文档
微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
FUNGuild：真菌功能注释
在线RaxML构建系统发育树
MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
psRobot：植物小RNA分析系统
RepeatMasker：基因组重复序列注释
基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

软件基础必学系列

Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
数据的质量控制软件——fastQC
极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

扩增子分析

史上最完整扩增子教程

扩增子图表解读-理解文章思路
扩增子分析流程-把握分析细节
扩增子统计绘图-冲击高分文章
QIIME2中文教程-把握分析趋势
16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集
Nature Method ：Rob Knight发布Striped UniFrac算法轻松分析微生物组大数据

易生信-扩增子教程

01-背景介绍
02-真菌引物选择

Webserver在线分析平台

MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
SILVAngs:16S/18S在线分析1 2

相关软件和数据库教程

扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
微生物扩增子数据库大全
SourceTracker—微生物来源分析

宏基因组分析

教程系列

宏基因组分析教程
1简介-定义、方法和数据库
2扩增子-微生物群落多样性
3PICRUSt功能预测
4宏基因组物种组成和分箱
5宏基因组功能数据库与通路
6宏转录组流程和功能
7挖掘微生物组生物标记
4500元的微生物组培训资料
微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
一文读懂宏基因组binning
30余款宏基因组分析软件经验总结上中下
微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

有参分析

MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo

1背景知识-Shell入门与本地blast实战
2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
3组装拼接MEGAHIT和评估quast
4基因注释Prokka
5基于Kmer比较数据集sourmash
6不比对快速估计基因丰度Salmon
7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
10绘制圈图-Circos安装与使用

功能注释数据库

KEGG在线数据库使用攻略
NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测

分箱专题

Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介安装和数据库部署实战和结果解读

统计分析及可视化

Krona绘制物种或功能组成圈图
microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
MMinte：预测微生物群体内代谢物互作

Linux与Shell

生信人值得拥有的编程模板-Shell
生信人值得拥有的编程模板-Perl
手把手教你生信分析平台搭建
Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
开启win10内置Linux子程序
Docker的基本使用-Ubuntu18.04

R统计绘图

R语言基础系列：

编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
数据可视化基本套路总结
你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？
使用dplyr进行数据操作30例
交集intersect、并集union、找不同setdiff
R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
1数据类型（向量、数组、矩阵、列表和数据框）
2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
3数据筛选——提取对象的子集
4向量、矩阵的数学运算
5控制结构
6函数及作用域
7认识循环函数lapply和sapply
8分解数据框split和查看对象str
9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列：

1初识ggplot2绘制几何对象
2图层的使用—基础、加标签、注释
3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
4语法基础
5通过图层构建图像
6标度、轴和图例
7定位-分面和坐标系
8主题设置、存储导出
9绘图需要的数据整理技术
创建属于自己的调色板

高级统计绘图：

28个实用绘图包，总有几个适合你
热图绘制
R做线性回归
绘图相关系数矩阵corrplot
相关矩阵可视化ggcorrplot
绘制交互式图形recharts
交互式可视化CanvasXpress
聚类分析factoextra
LDA分析、作图及添加置信-ggord
解决散点图样品标签重叠ggrepel
添加P值或显著性标记ggpubr
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
桑基图riverplot
微生物环境因子分析ggvegan
五彩进化树与热图更配ggtree
多元回归树分析mvpart
随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
加权基因共表达网络分析WGCNA
circlize包绘制circos-plot
R语言搭建炫酷的线上博客系统

实验设计与技术

微生物组取样和DNA提取建议
样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
样品命名注意事项实例
扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
海洋可培养微生物的鉴定与分类
怎么取粪便样品
根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
Microbiome: 室温存储样本方法比较
Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究
Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

基础知识

有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
16S测序，不知道OTU你就out了！
扩增子分析还聚OTU就真OUT了
主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
计量宏基因组学数据分析的方法及进展
排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
PCoA距离算法大全
读懂PCA和PCoA
LEfSe分析，你真的懂了么
宏基因组基础知识梳理
功能基因多样性研究概述
扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
环境因子关联分析—CCA还是RDA
P值背后那些事儿
轻松看懂机器学习十大常用算法
一文读懂随机森林在微生态中的应用
你想知道的ROC曲线
相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

一作解读

一作解读专栏，由论文第一，或共同第一作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。

Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康孕期健康对孩子至关重要
Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
SCLS：水稻微生物组时间序列分析
中国微生物组计划—农作物微生物组
应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较

文献精读

精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万

Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
Nature综述：人类微生物培养及培养组学culturomics
NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
NRM：多年冻土的微生物组
Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上下
PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
NAR：MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具
Nature综述：微生物的社交网络 – 营养缺陷型如何塑造复杂群落
Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控

综述泛读

Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
Cell：代谢控制中的脑肠轴
Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
Ann. Rev.：微生物组与人
微生物组学与植物病害微生物防治
组学重建真菌现有分类系统
FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
Protein&Cell|解析宿主基因组和微生物的复杂互作
Microbiome|植物内部微生物的相互作用
微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
Nature Microbiology：微生物与海洋全球变化

高分文章套路解读

NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病
Nature：益生菌清除致病菌的机制科普：原来益生菌是这么搞定致病菌的
Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
Nature：人类肠道微生物组的肠型
Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
Nature综述：宏基因组时代的病毒分类
Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
Nature-2018-抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？评论正文
NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
NM: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
NM：植物根系分泌物影响菌群结构
NM：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
Microbiome：重新定义“卫生”概念
Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
NM: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
Cell子刊：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
PNAS：水稻微生物组
PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物方法解读
PNAS-2017-人工构建玉米极简微生物组
PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
ISME|宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
PLOS Biology: 发现一种固氮玉米
PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程

科普视频-寓教于乐

一席-赵立平-大树细菌
肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
CCTV9让尸体说话-法医密档
走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
走进科学：锄禾者新说
NHK再造人类生命的神奇细胞
NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
NHK生命大跃进
BBC人体奥秘之细胞的暗战
BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
NGC子宫日记Womb

科普图文

原创

原来益生菌是这么搞定致病菌的
CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
漱口水增加糖尿病，高血压风险

SME科学故事

一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
致命病毒为何疯狂袭击人类？
马铃薯晚疫病：引发百万人死亡和逃难
看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
盘尾丝虫病——河盲症
结核菌——抗药性的严峻形式
粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
噬菌体的前世今生
乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
谁来养活中国人？他用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
机洗内裤容易得暗病？这个锅我们袜子不背！
西游记里河水让人怀孕的秘密：是寄生虫！
超级细菌事不关己？看完它才发现我们都在自己身体里养蛊
抠出来的鼻屎不要丢，隔壁家的小孩都馋哭了
谁说被吃是鸡的宿命？这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤
3个月近30万上海人被感染，真相是潜伏已久的“吃祸”
大肠杆菌O157:H7——仅次于霍乱的致命腹泻，正跟着“吃草”潮流全球“开花”

态昌基因

皮肤共生菌可以促进伤口愈合
轻断食是一种科学的减肥方法吗？
脂肪肝，应该拿你怎么办

热心肠先生说

想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”

漫画科普

漫画详解：厌氧君和好氧君，谁才是明日之子？
梅毒狂想曲

其它

Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2600+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1812)-编程之家